命令行提交castep任务的教程

## standalone
使用命令行运行ms相关的说明可以在tutorial中搜索standalone。

## 生成输入文件
1. 接照正常流程在castep calculation面板中设置计算参数。
2. 在setup选项卡中点击files.. 呼于出castep job files对话框。
3. 点击save files，可以看到当前打开的结构文件所在的目录下生成了一个文件夹。
4. 在新生成的文件夹上右键－Open Containing Folder，打开其所在的文件夹，文件拷贝出来。
5. 将4中的文件上传到服务器。

## 使用以下命令运行castep任务
`RunCASTEP.sh -np 32 project_name`
- -np后的数字指定使用多少核心运行任务。
- project_name替换为自己文件的统一前缀名字，不加后缀！

## 补充知识：将castep的运行脚本添加到环境变量
- 添加其他模块的运行脚本到环境变量只需要去/usr/local/BIOVIA/MaterialsStudio19.1/etc/里找到对应模快的BIN文件夹把path替换即可；
- 每个用户只需要在第一次使用时添加，以后直接用即可;

1. 找到license所在的/BIOVIA/BIOVIA_LicensePack/etc文件夹，并复制这个路径；
/usr/local/BIOVIA/BIOVIA_LicensePack/etc
2. 找到模块所在的/BIOVIA/MaterialsStudio19.1/etc/，在其中找到castep模块的bin文件夹并复制这个路径；
/usr/local/BIOVIA/MaterialsStudio19.1/etc/CASTEP/bin

3. 打开当前用户的环境变量文件。
不同操作系统的环境变量文件的名称不一样，根据具体情况来，后同。
`vi ~/.bashrc`
4. 把代码中的your_path替换为将刚才复制的路径后,在其中添加以下环境变量：
```bash
#license文件
source your_path1/lp_profile
#castep模块运行脚本
export PATH=your_path2:$PATH
```
5. 保存退出后验证一下是否成功添加
```bash
#重新加载bash，未输出与刚才添加的两行代码相关的提示内容则代表语法正确。
bash
#在环境变量里的文件夹中寻找RunCASTEP.sh脚本，弹出正确的地址则表示已经添加环境变量
#提示no RunCASTEP.sh in ···则说明刚才添加的地址是错的
which RunCASTEP.sh
```

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