forcite模块RDF&MSD教程

## 编组
为了做RDF和MSD，我们需要把研究对象给==同时选中==并==编组==。
以环氧体系为例，我们关心的原子主要有==O(epoxy)、O(H2O)、Fe2+==。接下来我就以给所有O(epoxy)编成一组为例。
这里需要中两个工具，原子选择工具和编组工具。
第一步，使用原子选择工具（edit-atom selection）将O(epoxy)同时选中。

>s atom selection工具可以通过多种属性将对应原子选择出来

由于我们关心的各个原子都是同一个力场类型，这里我们就用力场类型进行选择。
将select by property选为forcefield type后，将轨迹文件（.xtd）放在top且selection mode是第一个的情况下，在matches中填写对应的力场参数，点击select就可以将轨迹文件中所有的力场参数类型为o2e的原子同时选中。
==‘+’在此工具中的有特殊的含义，因此含有+的力场参数中，+前要加反斜杠‘\’进行转义，i.e.，fe的力场参数要写成这种形式：fe\\+2。==

![](/media/202301/2023-01-03_103213_9639340.8789269434065197.png)

第二步，使用编组工具（edit-edit sets）将被选中的原子保存。
>s edit sets工具将当前文件中（top）所有被同时选中的原子保存在一个sets中。
在此工具中双击编好的set，可重新将set中的原子选中。

在确定原子已经正确被选择的情况下，点击new，名字命名为O(epoxy)==（不要乱命名,统一命名格式为：元素(分子)，前边有示例）==，取消勾选show set后点击确定，此时所有环氧分子已经被编进了epoxy这个set中，最后保存。不保存就白编组了，==记得保存！记得保存！记得保存！==
我们点击模型中空白的地方取消选选择，再双击edit sets中刚才编好的epoxy，如果环氧被重新选中，则此set就编好了。

![](/media/202301/2023-01-03_104844_3015210.07265925131675988.png)

## RDF
forcite-analysis-radial distribution function
这里我们就以O(epoxy)与Fe2+的rdf为例。
![](/media/202301/2023-01-03_111259_1493610.03596205808248021.png)
==将轨迹文件保持在最顶端==，sets分别选O(epoxy)和Fe2+，cutoff改成10，interval改成0.05，点击analyse就得到了rdf。

![](/media/202301/2023-01-03_111447_8750130.9114937782452844.png)
此时有两个文件，.std和.xcd文件，.std是表格文件，记录了具体的数值；.xcd文件中绘出了的rdf图形；
这两个文件都有三个rdf，一定要注意前两个是set A、set B自己的rdf数据和图形，第三个才是set AB之间的RDF，一定不要弄错。
==一般我们就把.std文件切换到第三个表格，.xcd文件中把前两个rdf图形取消勾选后保存即可。==

## MSD
forcite-analysis-mean square displacement
==将轨迹文件保持在最顶端==，在set中选择对应的原子set，origin step的第一个框中填1，length的第二个框中填你md的总时长，选完后点analyse就行

![](/media/202301/2023-01-03_112709_4332200.8706235793956589.png)

同样会得到与rdf一样的两个文件，保存即可。

![](/media/202301/2023-01-03_112447_9770390.8126523281854352.png)

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