VASP

## 提取能量，并且画图提取能量，并且画图
用gnuplot（这个要另外下载到服务器）画出来，要显示的话打开Xming提供窗口
提取步数，温度，能量
`grep 'F=' OSZICAR|awk '{print $1, "\t"$3,"\t"$9}' >AIMD.da`
进入gnuplot
`gnuplot`
画图 数据文件 哪两列 
`plot 'AIMD.dat' u 1:2 w lp`
然后就出来了
这样就不用把数据导出来用Oringin画图了，比较适合简单的数据检查
`grep "T= " OSZICAR|awk '{print $1 " " $3 " " $9}' > T_E.dat`导出来用origin画

## 寻找对称性
`phonopy --tolerance 0.01 --symmetry -c POSCAR  >>out`
`cp PPOSCAR POSCAR`

## 固定原子
```
vaspkit
402 #固定选择原子
1   #POSCAR
3   #Fix Atoms by Heights
0 4 #固定原子的高度范围0-4
2   #笛卡尔坐标
1-3   #固定xyz方向
```
## 计算力学常数
新建一个文件夹
放入POSCAR,POTCAR,INCAR,KPOINTS
INCAR:
```shell

ISTART =1
   ISMEAR =  0
   SIGMA  =  0.02
   NELM   =   200
   EDIFF  =  1E-07
   NSW    =   200
   IBRION = 2
   EDIFFG =    -1E-02
 #  LVDW=.TRUE.
   LREAL=F
   PREC=high
   LWAVE= F
   LCHARG= F
   ALGO=N

```
写入一个VPKIT.in
```shell
1                                                              ! 1 for prep-rocessing, 2 for post-processing
2D                                                             ! 2D for slab, 3D for bulk
9                                                              ! number of strain
-0.020 -0.015 -0.010 -0.005 0.000 0.005 0.010 0.015 0.020      ! magnitude of strain

```
vaspkit 201,生成C11，C12文件夹,给出一个批量提交作业脚本
在批量提交作业脚本中，cd 到每一个文件夹后，
添加一个cp ../../vasp.pbs .
qsub vasp.pbs
提交作业
计算完成后，把VPKIT.in里面的1改成2，再vaspkit201,屏幕上就会输出C11，C12，C66,杨氏模量，剪切模量，泊松比的最大最小值

## Linux 自定义命令
bashrc文件是Bash shell的配置文件之一，它位于用户的主目录下（通常是~/.bashrc，前面加.表示隐藏文件）。Bash是一种常见的Unix和Linux操作系统的命令行解释器，bashrc文件用于设置和自定义Bash shell的行为和环境变量。

当用户登录到系统时，Bash shell会读取bashrc文件并执行其中的命令和配置。通过编辑bashrc文件，用户可以定义自己的环境变量、别名、函数以及其他个性化设置。这些设置会在每次打开新的终端窗口时生效，为用户提供更加便捷和个性化的命令行环境。

需要注意的是，bashrc文件只对当前用户生效，每个用户都可以在自己的主目录下编辑和使用自己的bashrc文件。每次改动后需要重新连接或者使用`source ~/.bashrc`来更新设置。

在 ~/.bashrc文件中加入一行，创建一个别名(alias)，将"…………"命令简化为"**"
#### 1.`alias lp="grep LOOP OUTCAR" `
在文件OUTCAR中查找包含"LOOP"关键字的行并输出，LOOP表示的是电子步的迭代循环次数，会输出每一次电子步的计算时间，可以用来调参比较运算速度。
#### 2.查看受力收敛情况（曲线图的形式输出）
```shell
#!/bin/bash
# eliminate forces of fixed atoms
fix=$1
if test -z $1; then
fix=0
fi
# get force form OUTCAR
awk -v fix="$fix" '/POSITION/,/drift/{
if($1~/^[0-9.]+$/&&$3>=fix) print $1,$2,$3,sqrt($4*$4+$5*$5+$6*$6i);
else if($1=="total") print $0
}' OUTCAR >temp.f
awk '{
if($1=="total") {print ++i,a;a=0}
else {if(a<$4) a=$4}
}' temp.f >force.conv
#sed -i '1,9d' force.conv
#rm temp.f
tail -30 force.conv >temp.f
#get dist from XDATCAR
touch p1.conv p2.conv;
touch dist.conv
Num=`awk 'NR==7{for(i=1;i<=NF;i++) a=$i+a;}END{print a}' XDATCAR`
Lnum=`wc XDATCAR|awk '{print $1}'`
((n=(Lnum-7)/(Num+1)))
head -7 XDATCAR >p1.conv
awk -v num="$Num" 'NR==9,NR==(num+1)+7{print $0}' XDATCAR >>p1.conv
for((i=1;i<n;i++))
do
head -7 XDATCAR >p2.conv
((n1=9+(Num+1)*i))
((n2=(i+1)*(Num+1)+7))
sed -n ''$n1','$n2'p' XDATCAR >>p2.conv
echo -e $i"t"`dist.pl p1.conv p2.conv ` >>dist.conv
done
#plot
gnuplot <<EOF
set term dumb
set xlabel 'Ion steps'
set ylabel 'Dist (Angstrom)'
plot 'dist.conv' w l t " Dist "
set xlabel 'Ion steps'
set ylabel 'Force (eV/Angstrom)'
plot 'temp.f' w l t " Force "
EOF
rm force.conv dist.conv p1.conv p2.conv temp.f
```
## 把轨迹文件XDATCAR转为xyz文件的python代码
可以放进MS里观察运动，相当于.xtd文件
在服务器里运行
```python
#lipai@mail.ustc.edu.cn
#convert XDATCAR to unwraped xyz file
import numpy as np
from copy import deepcopy

xdatcar = open('XDATCAR', 'r')
xyz = open('XDATCAR.xyz', 'w')

system = xdatcar.readline()
scale = float(xdatcar.readline().rstrip('\n'))
print(scale)

#get lattice vectors
a1 = np.array([ float(s)*scale for s in xdatcar.readline().rstrip('\n').split() ])
a2 = np.array([ float(s)*scale for s in xdatcar.readline().rstrip('\n').split() ])
a3 = np.array([ float(s)*scale for s in xdatcar.readline().rstrip('\n').split() ])

comment='Lattice=\"'+str(a1[0])+' '+str(a1[1])+' '+str(a1[2])
comment=comment+str(a2[0])+' '+str(a2[1])+' '+str(a2[2])
comment=comment+str(a3[0])+' '+str(a3[1])+' '+str(a3[2])+'\"'

#Read xdatcar
element_names = xdatcar.readline().rstrip('\n').split()

element_dict = {}
element_numbers = xdatcar.readline().rstrip('\n').split()

Natom = 0
Ntype = len(element_names)
Nname=[]
for t in range(Ntype):
    Natom += int(element_numbers[t])
    for i in range(int(element_numbers[t])):
        Nname.append(element_names[t])

print(Ntype,Natom)

f_prev=np.zeros([Natom,3])
f_next=np.zeros([Natom,3])
while True:
    line = xdatcar.readline()
    if len(line) == 0:
        break
    xyz.write(str(Natom) + "\n"+comment+"\n")

for atom in range(Natom):
        p = xdatcar.readline().rstrip('\n').split()
        f_next[atom,:] = np.array([ float(s) for s in p ])
        for x in range(3):
            if(f_next[atom,x]-f_prev[atom,x]<-0.5):
                f_next[atom,x]+=1
            elif(f_next[atom,x]-f_prev[atom,x]>0.5):
                f_next[atom,x]-=1

c_coords=f_next[atom,0]*a1+f_next[atom,1]*a2+f_next[atom,2]*a3
        xyz.write(Nname[atom]+" "+str(c_coords[0])+" "+str(c_coords[1])+" "+str(c_coords[2])+"\n")

f_prev=deepcopy(f_next)

xdatcar.close()
xyz.close()
```

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