HuangAnqi
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CALYPSO结构搜索
CALYPSO是吉林大学物理学院超硬材料国家重点实验是开发的一款基于粒子群优化算法(Particle Swarm optimization,PSO)的分子晶体2D、3D、团簇结构搜索的软件,可以为新材料的发现与研究提供方便快捷的途径。 由于 CALYPSO 软件的结构演化需要利用其它软件对其产生的结构进行弛豫,因为在运行 CALYPSO 软件的时候需要调用其它结构弛豫软件。针对不同的结构弛豫软件需要用户自己设置相应地输入文件。例如,如使用 VASP 进行局部弛豫,需要 VASP 的输入文件(INCAR_*)和赝势文件(POTCAR)。 [calypso4.0中文说明书下载链接](http://pan.liuyaoze.com/s/W3F0 "calypso4.0中文说明书下载链接") **需要准备:** INCAR(不同精度的INCAR) INCAR_1 INCAR_2 INCAR_3 input.dat(输入参数文件) POTCAR calypso.pbs(交calypso任务的文件) submit.sh(交vasp任务的文件) calypso.x(calypso计算程序) 计算完成后 进入results文件夹 source一下caly.sh chmod +x cak.py ./cak.py 执 行 cak.py 命令后,将产生 ‘Analysis_Output.dat’ 文件。Analysis_Output.dat 中默认输出能量最低的 50 个结构的空间群和对应的能量值。(注:默认分析结构空间群的允许误差为 0.1Å.) cak.py--cif 将分析后的结构以 cif 格式的形式保存起来,其结构文件保存在‘dir_n’ 文件夹中(n 为对称性分析中的允许误差)。
huanganqi
2023年10月11日 21:28
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