cp2k

## 1.把MS中的.car文件转换成按元素和z方向排列的.xyz文件
	dmolcar2xyz.py -s xxxx.car
（不加-s就不重新排列，最后把生成的xyz文件头两行去掉改成inc文件）
	在inp文件COORD中加@INCLUDE'coord.inc'

程序下载：[dmolcar2xyz.py](http://pan.liuyaoze.com/s/j5td "dmolcar2xyz.py")

## 2.生成NEB插点结构
优化反应物和产物，将最后一步的结构导出（包括原子坐标和上面两行），如`tail -125 al2o3_oho-pos-1.xyz > fs.xyz` 
导入脚本文件xyz2neb.pl,用chmod +x 加权限
执行脚本,插入四个点（写5，当然最好插奇数个点）`./xyz2neb.pl is.xyz fs.xyz  5`
最后将几个结构连成轨迹看看合不合理
`cat 0.xyz 1.xyz 2.xyz 3.xyz 4.xyz 5.xyz > neb.xyz`
程序下载：[xyz2neb.pl](http://pan.liuyaoze.com/s/08Hq "xyz2neb.pl")
用Linux循环跟踪neb结构状态：
`for i in {1..6} ; do tail -n 125 "cp2k-pos-Replica_nr_${i}-1.xyz" >> neb2.xyz ; done`
插入关键词，计算类型改成BAND（虽然用不上，还是按SUBSYS在计算目录下放一个cell.cif结构文件比较好）
```
&BAND
		NPROC_REP 28
		BAND_TYPE CI-NEB
		ALIGN_FRAMES F
		ROTATE_FRAMES F
		NUMBER_OF_REPLICA 5
		K_SPRING 0.08
		&CONVERGENCE_CONTROL
			MAX_DR 0.01
			MAX_FORCE 0.001
			RMS_DR 0.02
			RMS_FORCE 0.001
		&END CONVERGENCE_CONTROL
		&CI_NEB
			NSTEPS_IT 5
		&END
		&OPTIMIZE_BAND
			OPT_TYPE DIIS
			OPTIMIZE_END_POINTS F
		&END  OPTIMIZE_BAND
		&REPLICA
			COORD_FILE_NAME ./0.xyz
		&END
		&REPLICA
			COORD_FILE_NAME ./1.xyz
		&END
		&REPLICA
			COORD_FILE_NAME ./2.xyz
		&END
		&REPLICA
			COORD_FILE_NAME ./3.xyz
		&END
		&REPLICA
			COORD_FILE_NAME ./4.xyz
		&END
		&REPLICA
			COORD_FILE_NAME ./5.xyz
		&END
		&PROGRAM_RUN_INFO
		&END
		&CONVERGENCE_INFO
		&END
	&END BAND   
```
在计算的过程中跟踪计算收敛状况：
`grep -1 MAX cp2k-BAND6.out`(最后一个BAND结构)

## 2.提取最后的能量
grep = cp2k-pos-1.xyz | tail -1

查看每一步的能量
 	grep = cp2k-pos-1.xyz

查看每一步的受力
	grep Max\.\ g cp2k.out

## 3.查看计算时间
	grep PROGRAM cp2k.out
可以看到开始时间和结束时间

## 3.后处理分析 观察运动轨迹：
xyz文件导入MS就可以看了
cp2k-pos-1.xyz导入VMD

pbc set {17.7540 19.4907 27.2817} -all #设定晶胞参数
	pbc box                                #显示盒子边界
	pbc wrap -all                          #把整个轨迹转化成周期性
	display depthcue off                   #取消深景显示
	color Display Background white
	display rendermode GLSL

![](/media/202206/2022-06-14_110627_877536.png)

使用win10自带的游戏录屏功能，选中窗口后点击WIN+G，再点击捕获开始录屏
在此电脑-视频中可以找到录下的视频文件

![](/media/202206/2022-06-18_203545_151806.png)

## 4.后处理分析 径向分布函数RDF
VMD – Analysis – Radial pair distribution function g(r)
计算RDF要先加pbc set，否则计算RDF，没法考虑周期性镜像，计算不准确。

## 5.算声子谱
[phonopy安装教程](https://zhuanlan.zhihu.com/p/28979759 "phonopy安装教程")
http://phonopy.github.io/phonopy/cp2k.html
https://zhuanlan.zhihu.com/p/399991979

## 6.把优化出来的结构导出成cif格式进行后续计算
进行geometry optimization后，要把他的优化结构导出来进行静态或动力学计算
任务完成后，会得到整个优化过程的动态结构文件cp2k-pos-1.xyz，用MS打开后，把最后一帧导出到当前项目中，build-crystal，跟优化前的晶格参数是一样的，参考之前的cif文件内容，构建晶体，再导出成cif格式即可。

## 7.MS中的cif导入VESTA中保存成xyz格式遇到的问题
 使用VESTA打开cif格式（通常分子会显示到盒子外边，为了清楚显示盒子边界处的情况），如果此时直接保存为xyz文件的话，则显示的所有原子都被记录在xyz文件中，那么跑MD时会出现错误。

- Edit- edit data- unit cell- molecule 可以看到是正常显示为最小单元结构了

-保存成xyz

## 8.重算
重启计算直接把*****.restart当作输入文件提交就行
了，这个文件里保存了当前的轨迹，速度，和其他信息。

## 9.态密度

![](/media/202307/2023-07-21_165935_5293800.224490700950858.png)

![](/media/202307/2023-07-21_170032_5574510.4962983101625663.png)
`python3 new.py -s 0.01 cp2k-ALPHA_k1-1.pdos cp2k-BETA_k1-1.pdos > dos.txt`
数字越小，态密度曲线越尖锐
查看cp2k-ALPHA_k1-1.pdos的头两行，可以看见是哪种元素的pdos
放到oringin里面画图，对于自旋向下的态密度‘右键-Set Column Values-
-X'可以翻转图像（X为列号）
[代码下载：new.py](http://pan.liuyaoze.com/s/qKsM "代码下载：new.py")
[new2.py](http://pan.liuyaoze.com/s/LlCD "new2.py")(取消了开头的匹配检查，如果是某个片段的dos可用)

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