在Linux上运行Gaussian

## 0.安装gaussian
具体教程见[Centos 7.6软件编译指南](http://doc.liuyaoze.com/project-8/doc-85/ "Centos 7.6软件编译指南")中的Gaussian16部分
- 上传
- 解压
- 配置环境变量
- 权限问题
  - g16权限不能777
  - 其他用户使用gaussian

## 1.准备输入文件

- 保存结构
  - 笛卡尔坐标
  - Z-矩阵
- 检查输入文件
  - chk文件的路径
  - 占用的内存
  - 占用的CPU核心数
  - 命令
  - 空行
  - 原子连接方式

输入文件模板见[Gaussian输入文件模板](http://doc.liuyaoze.com/project-6/doc-96/ "Gaussian输入文件模板")。

## 2.Linux的基本操作

- 服务器与计算机
  - 区别与联系
  - 性能相关的知识
- 基本操作
  - 上传下载文件
  - 输入法问题
  - 进入文件夹
  - 自动补全
  - 绝对路径与相对路径
  - 查看文件夹文件
  - 复制文件&文件夹
  - 查看&修改文本文件的两种方式
  - 运行gaussian
  - 任务管理器与进程号
  - 提前结束任务

## 3.计算机知识补充（一直更新）
Linux常用命令补充
http://doc.liuyaoze.com/project-6/doc-24/

### 3.1 查看结构优化的进度
  - 打开文件直接查看
  - 使用grep命令查看
	```bash
	#输出XXX.log文件中所有Converged?字段所在行以及接下来的4行内容
	#即：输出每一步收敛情况
	grep Converged? XXX.log -A4

#输出XXX.log文件中Converged?字段出现的次数。
	#即：输出优化的次数
	grep Converged? XXX.log -c

#输出XXX.log文件中PID字段所在行
	#即：输出XXX.log所在任务的进程号。
	grep PID XXX.log

#以上内容也可以改写成下面这种形式，是等效的。
	cat XXX.log |grep PID
```

### 3.2 使用脚本提交计算任务（批作业）

**强烈建议使用此方式提交计算任务**
- 如何理解脚本呢？
脚本文件的实质就是将你需要一个一个手打的命令放在一个文件中按顺序去执行。
- 编写脚本文件的规则
对于使用gaussian程序来说，需要将输入文件的名字按照你希望的计算顺序并以下面的格式依次填入一个文本文件中就行，每行填一个计算任务，==切记不能加&==。

```
g16 1.gjf
g16 2.gjf
g16 3.gjf
	```
	系统将会按照文件中的顺序依次执行计算任务，算一个算下一个（哪怕某个计算任务没有成功）。

- 运行
假设你的脚本文件为1.txt，需要执行以下两个步骤来运行脚本文件。
	1.给脚本增加执行权限
  `chmod +x 1.txt`
	2.运行
  `./1.txt > out &`

- 发送通知短信
在一个命令的下一行添加以下代码后可以实现完成计算后给手机号码‘123456789’发送短信，根据自己的实际情况修改电话号码和任务名。
`python /opt/message.py --phonenum=123456789 --content=任务1`
一般加在最后一个任务的下一行就行，如下所示。1、2、3.gjf计算完成后将会发送通知短信。

```
  g16 1.gjf
  g16 2.gjf
  g16 3.gjf
  python /opt/message.py --phonenum=123456789 --content=任务1
	```

如果你实在关心某一个计算任务，可以在该任务的下一行多添加一次，如下所示。1.gjf执行完后会发送一次通知短信，3.gjf执行完后会再次发送通知短信。
	```
  g16 1.gjf
  python /opt/message.py --phonenum=123456789 --content=任务1
  g16 2.gjf
  g16 3.gjf
  python /opt/message.py --phonenum=123456789 --content=任务1
	```

==使用该功能需要特别注意以下几点，不同意以下条款禁止使用本短信功能，一旦使用该功能就代表同意以下条款：==
 	1. 本人不保证短信业务的100%可用性（但是总是会尽最大的能力去保证，出现问题可以及时反馈给我），因此提交任务后各位同学应该时常登录服务器查看计算进度。**不接受短信没通知之类的借口！**
	2. 该功能仅能用于通知本次毕设相关的计算进度，未经本人同意，禁止用于任何其他场景。
	3. 该功能是我无偿提供给各位做毕设的同学使用的，实际上我需要向腾讯云付费购买短信余量，因此禁止滥用。
	4. 禁止发送任何有违法、违背伦理与道德、政治倾向的内容，由此带来的法律与道德风险自负（所有操作记录，都可以在后台查到）。
	5. 其他未尽事宜，最终解释权归本人所有。

### 3.3 vi工具
vi工具用法补充
http://doc.liuyaoze.com/project-6/doc-28/

```bash
#向上/下翻页
Page Up/Down
#指针跳转到最后一行
shift + G

#指针跳转到当前行的第一个字符（home）
shift + 6
#指针跳转到当前行的最后一个字符（end）
shift + 4

#选取内容
V
#删除V选取的内容
D
#剪切本行/V选取的内容（也可用来删除）
DD
#复制V选取的内容
Y
#粘贴
P
#搜索content（n向下；N向上）
/content
```

### 3.4 刷新windows的dns服务器
部分情况需要刷新自己电脑中的dns服务器
1. 在桌面shift+右键→在此处打开powershell
2. 输入以下命令：
`ipconfig /flushdns`

在Linux上运行Gaussian

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